Büyük Selçuklu Sultanı Alparslan'ın komutanlarından Artuk Bey'in Orta Anadolu'yu ele geçirerek Yeşilırmak ve Kızılırmak dolaylarında Türk hâkimiyetini kurması ile Merzifon'da Selçuklu hâkimiyetine girmiş oldu. Fakat Alparslan'ın 1072'de ölmesi üzerine Artuk Bey'in merkeze geri çağrılmasından istifade eden Bizanslılar Merzifon ve çevresini tekrar hâkimiyetleri altına aldılar.
Alparslan'ın ölümünden sonra yerine geçen oğlu Sultan Melikşah Anadolu'nun fethi için komutanlarından Danişmentoğlu Gümüştekin Ahmet Gazi'yi görevlendirmişti. Ahmet Gazi Anadolu'ya gelerek önce Sivas ve çevresini ele geçirerek, Danişmetoğulları beyliğini kurdu. Bu dönemde Merzifon'da Danişmentlilerin hâkimiyetine girdi. XI. yüzyılda bölge ile birlikte Merzifon'u da Türk hâkimiyetine sokan Gümüştekin Ahmet Gazi bölgeyi Türkleştirmek için Horasan ve Orta Asya'dan göç eden Türkmenleri bu bölgeye yerleştirdi. Danişmentli Beyler on binlerce kalifiye işgücünü aileleriyle birlikte kendi bölgeleri olan Amasya ve Merzifon dolaylarına yerleştirmişlerdir. Hatta getirdikleri bu kalifiye elemanlara köyler, evler, tarım araçları ve tohumluk dağıtarak birkaç yıllık süreler için vergiden muaf tutmuşlardır. Bu durum Merzifon'daki ticari hayatı doğrudan etkilemiş ve çok ciddi bir ekonomik ilerlemeye yol açmıştır. Danişmentoğullarından Sihamüddevle lakaplı Hüseyin Gazi uzun süre Merzifon'un yakınlarındaki bir bölgede ikamet etti. Hüseyin Gazi'nin kaldığı yer Sihamüddevle köyü/mahallesi olarak anılır ve Osmanlı dönemine ait tahrir kayıtlarında Samadola, 1642 tarihli avârız defterinde Sehmüddevle şeklinde geçer.
Bu köy günümüzde şehrin bir mahallesini oluşturur. Samadolu köyü/ mahallesi olarak adlandırılan bu mahallenin adı yakın zamanlarda Buğdaylı olarak değiştirilmiştir. Haçlı Seferlerinin başlamasıyla Anadolu'ya giren Haçlı ordularının bir bölümü I. Haçlı Seferi esnasında Merzifon'a kadar ilerlemişti. O dönemde Merzifon hâkimi olan Ahmet Gazi'nin oğlu İsmail, Anadolu Selçuklu Sultanı I. Kılıçarslan ile işbirliği yaparak bugünkü Suluova (Yedikır) civarında yapılan savaşta Haçlı ordusuna ağır bir darbe vurdu. (5 Ağustos 1101) Danişmentliler döneminde şehirdeki Bizans eserlerinin bir kısmının cami ve medreseye dönüştürüldüğü bilinmektedir. XII. yüzyılda II. Kılıç Arslan Danişmentliler Beyliğini ortadan kaldırınca Merzifon da Türkiye Selçuklularının hâkimiyetine girdi. Türkiye Selçukluları döneminde Merzifon canlı bir kültür ve ticaret merkezi olmaya devam etti. Bu dönemde yapılan eserlerden ne yazık ki günümüze kadar ulaşan olmamıştır. 1243 yılında Türkiye Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Kösedağ Savaşında Moğollara yenilince Anadolu her alanda İlhanlıların kontrolüne girmişti. Bu dönemde, Merzifon ve havalisine yönetici olarak, Moğol kökenli valiler tayin edilmiştir. İlhanlı Hükümdarı Ebu Sait Bahadırhan bu bölgenin idaresini, Moğol Beyi Emir Çobanoğlu Demirtaş'a vermiştir. Günümüzde Merzifon'un köyleri arasında yer alan Alıcık, ismini Moğol beylerinden Alıcık Noyan'dan almaktadır. Anadolu Selçukluları Moğol Döneminin meşhur veziri Muiniddin Pervane Süleyman tarafından 1264-65 yıllarında Merzifon'a Ulu camii adı verilen bir eser kazandırılmış olup, ne yazık ki bu cami 1904 yılında çıkan bir yangında yok olmuştur. İlhanlı Hükümdarı Ebû Sait Bahadır Han'ın ölümünden sonra doğan otorite boşluğu ile başlayan iç mücadeleler sonrasında bölgeyle birlikte Merzifon' da Eratna Devleti'nin hâkimiyeti altına girmiştir. Eratna Beyi Şadgeldi Paşa Amasya ve Merzifon civarını da idaresi altına almış, daha sonra şehir Şadgeldi Paşa'nın oğlu Emir Ahmet, Candaroğlu Kötürüm Bayezid ve Kadı Burhaneddin arasındaki savaşlarda kimi zaman yağmalanmış ve sürekli el değiştirmiştir. 1353-1398 tarihleri arasında Merzifon ve Havza Türkmen Beylerinden Taşanoğullarının hâkimiyetinde kalmıştır. Taşanoğulları Danişmentlilerle birlikte Anadolu'ya gelen bir Türkmen boyudur. (Devamı Haftaya)