Anadolu Moğol hakimiyeti altında iken Mengü Kaan tarafından Eyâlet-i Rumiye Nazırı Ilıcak Noyan, yaz mevsiminde Amasya'nın sıcağından kaçıp, Merzifon'a gelerek Ilıcak Nahiyesi ( Alıcık- Saraycık olmuştur) adıyla meşhur, Çorum yolundan Merzifon'a girerken 20.Km. de bir çiftlik yapmış ve buradan Anadolu'yu idare etmiştir. Kethüdâsı Zugay ise çok katı yürekli olup, şimdiki askeri ve sivil Hava Alanı olan bölgede Zugay Alanı adıyla ( Zuğu Köyü) bir çiftlik kurmuştur. 1246-1262 yılları arasında aralıklarla tahta çıkan Anadolu Selçuklu Sultanı II. İzzedddin Keykâvus neslinden gelen Kubadoğulları Samsun-Kavak-Lâdik yörelerinde hüküm sürüyorlardı. Kubadoğulları Beyliği 1318 yılları civarında İlhanlı Valisi olarak görev yapan Keykâvus'un torunu Taceddin Altunbaş Gazi Çelebi tarafından kurulmuştu. Taceddin Altunbaş'ın 1340-1350 yılları arası ölümünden sonra oğlu Keykubat Samsun-Kavak-Lâdik yöresinde otoritesini tesis ederken Lalası Emir oğlu Taşan; Merzifon, Havza, Gedegara ( Vezirköprü)'yü kapsayan bir beylik kurar. Taşanoğulları sülâlesi de buradan gelmektedir. Taceddinoğulları Eratne Devletine muhalifti. Aynı sebeplerle Kadı Burhaneddin ve Trabzon Rum Devleti sınırlarını korumak maksadıyle, III.Aleksios'un ( 1349-1390) kızı Eudokia'nın evliliği yoluyla ittifak kurdular. Taceddinoğulları 1380 yıllarında Kadı Burhaneddin'i tanımak ve ittifak yapmak zorunluluğunu hissetmiştir. 1384 yılı bahar sonlarında Candaroğlu Kötürüm Bayezid tarafından Merzifon yağmalandı, elde edilen eşya; Kadı Burhaneddin elçileri önünde Amasya Emiri Ahmed'e hemen iade edilerek, Candaroğlu Kötürüm Bayezid'ın ikili oynadığı ortaya çıktı. Aynı kış Kadı Burhaneddin Merzifon-Amasya Bölgesinde konakladı ve Emir Ahmed de 1393 yılında Amasya Kalesine çekilerek Kadı Burhaneddin'le çatışmasını sürdürdü. İlkbaharda Tatar ve Moğol Beyleri Kadı Burhaneddin'e gelerek Osmanlı Ülkesini istila konusunu görüştüler, Emirler karşı çıktı. Osmanlılar Amasya'yı ele geçirmişler ve stratejik nokta olduğundan Osmanlılar tam yerleşmeden öncelikle Amasya'nın ele geçirilmesini Kadı Burhaneddin'den talep etmiş ve Merzifon'a gelerek karargahını kurmuştur. Zaman zaman Amasya'ya akınlar yapmış ve Osmanlı Ordusuna zayiat verdirmiştir. Taceddinoğulları bu durumdan kuşkulanarak I. Bayezid'ı Kadı Burhaneddin'e karşı harekete geçirmek için tahriklere başladı ve Osmanlı Padişah'ı Yıldırım Bayezit büyük bir ordu ile Merzifon'a geldi, kaynaklar burada susmakta ve savaştan bahsetmemektedirler. Kadı Burhaneddin Turhala kaçtığı söylenmektedir. Ve böylece Merzifon bundan sonra tamamen Osmanlı topraklarına katılır. Anadolu Selçukluları zamanında Moğol Döneminin ünlü Veziri Muiniddin Pervane Süleyman 1266 yılında Merzifon Ulu Camisi ve külliyesini inşa ettirmiştir. Anadolu Selçuklu Dönemi ahşap sütunlu camilerden zannettiğimiz Ulu Cami, Çelebi Mehmed Döneminde yenilenmiş, 1902 yılında ise yanmıştır. Eski Hamam adıyla bilinen Ulu Camiin hemen güneyinde yer alan hamam da Pervana külliyesinin bir parçası ve Selçuklu eseridir. Halil Edhem'in Tarihi Osmanî Encümeni Mecmuası'nın 43. sayısının 4243. sayfasında " Merzifon'da Pervane Muîniddin Süleyman Namına Bir Kitâbe" konulu, ekseriyetle Muiniddin Pervâne Süleyman hakkındaki kısa makalesinde 1264 yılında Muiniddin Pervane Süleyman'ın bir cami yaptırdığı bilinmektedir. Ancak 1902 yıllarında yanması ve mermer kitâbenin de yanmadan dolayı kireçlenerek parçalara ayrılması sonucu zor okunduğu Halil Edhem Bey tarafından ifade edilerek beş satırlık Arapça kitâbenin metnini verilmiştir. Kitâbenin Türkçesi şöyledir: "Bu mübârek camiin yapımı Büyük Sultan Şahinşah günlerinde emrolunmuştur."